Se não precisar mais da representação visual de classes do BlueJ e precisar usar as capacidades dos projetos padrão do IDE, você pode converter projetos do BlueJ em projetos do NetBeans IDE.
Para converter um projeto do BlueJ em um projeto do NetBeans IDE:
Quando você converte um projeto BlueJ em um projeto J2SE padrão, o IDE copia as fontes do projeto existente e as coloca em um novo projeto, onde fontes e classes compiladas são separadas em diferentes pastas. O projeto do BlueJ permanece, mas é separado do projeto recém-criado. O projeto convertido não é visível na visualização do BlueJ e não pode ser aberto no BlueJ.
No projeto convertido, você pode gerenciar facilmente a classpath através do nó Bibliotecas. Você pode gerenciar como o aplicativo é criado e empacotado através da caixa de diálogo Propriedades do projeto, que você pode abrir clicando com o botão direito do mouse no nó do projeto e escolhendo Propriedades.