Um aplicativo empresarial é um conjunto de módulos EJB e de módulos de aplicativo da Web configurados para trabalharem juntos quando implantados em um servidor de aplicativos Java EE. O aplicativo empresarial contém informações sobre como os módulos trabalham entre si.
O aplicativo empresarial contém também informações sobre como os módulos trabalham com o servidor de aplicativo ao qual está implantado. Por exemplo, se beans de entidade usarem persistência gerenciada por recipiente, o aplicativo empresarial diz ao servidor de aplicativos J2EE que serviços de transações serão necessários.
Um aplicativo empresarial não apresenta arquivos fonte próprios. Contém somente descritores de implantação e outros arquivos de configuração. No momento da compilação, são construídos e compostos arquivos de armazenamento (arquivos JAR e WAR) para cada um dos módulos do aplicativo empresarial dentro do arquivo de armazenamento empresarial (EAR - Enterprise ARchive). Esse arquivo é implantado para servidor de aplicativos.