自由形式プロジェクトの「プロパティー」ダイアログのすべての設定と同様、「クラスパス」ページでの設定は Ant スクリプトが指定しているプロジェクトの実際のクラスパスを変更しません。ソースパッケージフォルダを追加しても、コード補完、エラーの強調表示、およびリファクタリングといった処理が正しく実行されるよう Ant スクリプトの指定どおりにプロジェクトを設定するだけです。
プロジェクトに追加する JAR ファイルが IDE の「ライブラリマネージャー」に登録されていて、ソースコードと Javadoc ドキュメントに添付されている場合は、IDE によって自動的に Javadoc とソースコードが検出されます。
ほかの IDE プロジェクトのビルド出力をクラスパスに追加する場合は、プロジェクトの JAR ファイルを目的のクラスパスに追加します。