アプリケーションサーバー上の JavaMail リソースの構成は自分で行う必要があります。プロジェクトのターゲットサーバーが Sun Java System Applciation Server の場合は、「新規ファイル」ウィザードの「Sun リソース」カテゴリで JavaMail リソースのテンプレートを利用できます。
プロジェクトのターゲットサーバーが Sun Java System Applciation Server の場合、IDE は、アプリケーション固有の配備記述子にリソース参照を自動的に設定します。これ以外のアプリケーションサーバーに配備する場合は、そのサーバー固有の配備記述子を自分で構成する必要があります。